LAMMPS (27 Jun 2024 - Development - patch_27Jun2024-930-g7036930360)
# pour one types of particles into cylinder and oscillate
# temperature of the bottom plate

variable        name string heat_plate

atom_style      sphere
units           lj

###############################################
# Geometry-related parameters
###############################################

variable        boxx equal 10
variable        boxy equal 10
variable        boxz equal 50

variable        drum_rad equal ${boxx}*0.5
variable        drum_rad equal 10*0.5
variable        drum_height equal 30

variable        xc equal 0.5*${boxx}
variable        xc equal 0.5*10
variable        yc equal 0.5*${boxx}
variable        yc equal 0.5*10
variable        zc equal 0.5*${boxz}
variable        zc equal 0.5*50

###############################################
# Particle-related parameters
###############################################
variable        rlo equal 0.25
variable        rhi equal 0.5
variable        dlo equal 2.0*${rlo}
variable        dlo equal 2.0*0.25
variable        dhi equal 2.0*${rhi}
variable        dhi equal 2.0*0.5

variable        cyl_rad_inner equal ${drum_rad}-1.1*${rhi}
variable        cyl_rad_inner equal 5-1.1*${rhi}
variable        cyl_rad_inner equal 5-1.1*0.5

variable        dens equal 1.0

variable skin equal 0.4*${rhi}
variable skin equal 0.4*0.5

#############
processors * * 1
region          boxreg block 0 ${boxx} 0 ${boxy} 0 ${boxz}
region          boxreg block 0 10 0 ${boxy} 0 ${boxz}
region          boxreg block 0 10 0 10 0 ${boxz}
region          boxreg block 0 10 0 10 0 50
create_box      2 boxreg
Created orthogonal box = (0 0 0) to (10 10 50)
  2 by 2 by 1 MPI processor grid
change_box      all boundary p p f
Changing box ...

pair_style      granular
pair_coeff      * * hertz/material 1e5 0.2 0.3 tangential mindlin NULL 1.0 0.5 damping tsuji heat area 5.0

region          curved_wall cylinder z ${xc} ${yc} ${drum_rad} 0 ${drum_height} side in
region          curved_wall cylinder z 5 ${yc} ${drum_rad} 0 ${drum_height} side in
region          curved_wall cylinder z 5 5 ${drum_rad} 0 ${drum_height} side in
region          curved_wall cylinder z 5 5 5 0 ${drum_height} side in
region          curved_wall cylinder z 5 5 5 0 30 side in
region          bottom_wall plane ${xc} ${yc} 0 0 0 1 side in
region          bottom_wall plane 5 ${yc} 0 0 0 1 side in
region          bottom_wall plane 5 5 0 0 0 1 side in

region          insreg cylinder z ${xc} ${yc} ${cyl_rad_inner} ${drum_height} ${boxz}
region          insreg cylinder z 5 ${yc} ${cyl_rad_inner} ${drum_height} ${boxz}
region          insreg cylinder z 5 5 ${cyl_rad_inner} ${drum_height} ${boxz}
region          insreg cylinder z 5 5 4.45 ${drum_height} ${boxz}
region          insreg cylinder z 5 5 4.45 30 ${boxz}
region          insreg cylinder z 5 5 4.45 30 50

fix             0 all property/atom temperature heatflow
WARNING: Fix property/atom mol, charge, rmass, temperature, or heatflow w/out ghost communication (../fix_property_atom.cpp:205)
fix             1 all balance 100 1.0 shift xy 5 1.1
fix             2 all nve/sphere
fix             3 all heat/flow constant 1.0
fix             grav all gravity 10 vector 0 0 -1
fix             ins1 all pour 1000 1 1234 region insreg diam range ${dlo} ${dhi} dens ${dens} ${dens}
fix             ins1 all pour 1000 1 1234 region insreg diam range 0.5 ${dhi} dens ${dens} ${dens}
fix             ins1 all pour 1000 1 1234 region insreg diam range 0.5 1 dens ${dens} ${dens}
fix             ins1 all pour 1000 1 1234 region insreg diam range 0.5 1 dens 1 ${dens}
fix             ins1 all pour 1000 1 1234 region insreg diam range 0.5 1 dens 1 1
fix             ins2 all pour 1000 2 1234 region insreg diam range ${dlo} ${dhi} dens ${dens} ${dens}
fix             ins2 all pour 1000 2 1234 region insreg diam range 0.5 ${dhi} dens ${dens} ${dens}
fix             ins2 all pour 1000 2 1234 region insreg diam range 0.5 1 dens ${dens} ${dens}
fix             ins2 all pour 1000 2 1234 region insreg diam range 0.5 1 dens 1 ${dens}
fix             ins2 all pour 1000 2 1234 region insreg diam range 0.5 1 dens 1 1

comm_modify     vel yes

neighbor        ${skin} bin
neighbor        0.2 bin
neigh_modify    delay 0 every 1 check yes

variable        oscillate equal 1.0*sin(step*0.0001)

fix             4 all wall/gran/region granular hertz/material 1e5 0.1 0.3 tangential mindlin NULL 1.0 0.5 damping tsuji region curved_wall
fix             5 all wall/gran/region granular hertz/material 1e5 0.1 0.3 tangential mindlin NULL 1.0 0.5 damping tsuji heat area 5.0 region bottom_wall temperature v_oscillate

thermo_style    custom step atoms ke pxx pyy pzz
thermo_modify   lost warn
thermo          100

timestep        0.001

compute        1 all property/atom temperature heatflow
#dump           1 all custom 1000 ${name}.dump id type radius mass x y z c_1[*]

run             100000
Generated 0 of 1 mixed pair_coeff terms from geometric mixing rule
Particle insertion: 594 every 2000 steps, 1000 by step 2001
Particle insertion: 594 every 2000 steps, 1000 by step 2001
Neighbor list info ...
  update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
  max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
  master list distance cutoff = 1.2
  ghost atom cutoff = 1.2
  binsize = 0.6, bins = 17 17 84
  1 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 0 0
  (1) pair granular, perpetual
      attributes: half, newton on, size, history
      pair build: half/size/bin/atomonly/newton
      stencil: half/bin/3d
      bin: standard
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 5.847 | 5.847 | 5.847 Mbytes
   Step        Atoms        KinEng          Pxx            Pyy            Pzz      
         0           0  -0              0              0              0            
WARNING: Fewer insertions than requested (../fix_pour.cpp:688)
WARNING: Fewer insertions than requested (../fix_pour.cpp:688)
       100         536  -0              0              0              7.4220499    
       200         536  -0              0              0              10.753096    
       300         536  -0              0              0              13.500241    
       400         536  -0              0              0              18.036636    
       500         536  -0              0              0              21.669269    
       600         536  -0              0              0              25.794277    
       700         536  -0              0.036728411    0.03359373     24.224864    
       800         536  -0              0.21062609     0.26430303     25.376901    
       900         536  -0              0.26668829     0.20265866     25.658924    
      1000         536  -0              0.39065236     0.60669027     26.763499    
      1100         536  -0              0.69932743     0.71983266     26.225376    
      1200         536  -0              0.4157436      0.42293535     24.911805    
      1300         536  -0              0.33921032     0.63682235     25.754584    
      1400         536  -0              0.93464611     1.3237441      22.865702    
      1500         536  -0              0.80924985     0.74657727     22.757239    
      1600         536  -0              0.92054828     1.2190322      21.876875    
      1700         536  -0              0.94536064     0.98360513     21.289703    
      1800         536  -0              1.1330092      1.1237788      19.551747    
      1900         536  -0              1.0761391      0.85000786     21.250696    
      2000         536  -0              1.638585       1.2861506      20.207604    
WARNING: Fewer insertions than requested (../fix_pour.cpp:688)
WARNING: Fewer insertions than requested (../fix_pour.cpp:688)
      2100        1056  -0              1.5408671      1.5842743      23.291514    
      2200        1056  -0              1.0229197      1.0843624      21.353081    
      2300        1056  -0              1.0065987      0.91432567     22.38512     
      2400        1056  -0              1.7739939      1.7072525      22.725414    
      2500        1056  -0              1.7824503      1.4988478      22.162721    
      2600        1056  -0              1.9954304      2.2158613      20.155076    
      2700        1056  -0              1.2178088      1.1725726      19.457213    
      2800        1056  -0              1.2801853      1.564228       21.186628    
      2900        1056  -0              2.2349618      2.2264187      21.089537    
      3000        1056  -0              1.6864183      1.7538789      20.996558    
      3100        1056  -0              1.8954776      1.8910819      21.206904    
      3200        1056  -0              2.4766394      2.2529193      21.570887    
      3300        1056  -0              2.637015       2.7086712      22.395582    
      3400        1056  -0              1.9106499      1.8935966      22.199401    
      3500        1056  -0              2.5964912      2.5031185      23.039192    
      3600        1056  -0              2.5085435      2.146064       23.068971    
      3700        1056  -0              2.474989       2.4439976      23.419341    
      3800        1056  -0              2.8205404      2.8384851      22.875541    
      3900        1056  -0              3.2026873      3.2416559      22.208749    
      4000        1056  -0              3.6740735      3.5414156      20.915706    
WARNING: Fewer insertions than requested (../fix_pour.cpp:688)
      4100        1550  -0              3.3900757      3.1941323      22.320541    
      4200        1550  -0              3.2075343      3.5119664      22.534143    
      4300        1550  -0              2.4392667      2.3822515      22.0926      
      4400        1550  -0              3.0764489      2.9398635      24.354151    
      4500        1550  -0              3.259183       3.5214347      24.893647    
      4600        1550  -0              3.5868594      3.8241085      24.02662     
      4700        1550  -0              3.7598172      3.6876335      23.416143    
      4800        1550  -0              4.3919175      4.3391781      23.364196    
      4900        1550  -0              4.1572977      4.2215608      21.635388    
      5000        1550  -0              4.0761296      4.188579       20.033325    
      5100        1550  -0              3.8154497      3.981279       20.388815    
      5200        1550  -0              3.9260972      4.0299312      20.63532     
      5300        1550  -0              4.2435745      4.078322       21.129107    
      5400        1550  -0              3.9751622      4.0698369      20.548446    
      5500        1550  -0              4.3205962      4.695632       22.227101    
      5600        1550  -0              4.421366       4.5508427      22.518481    
      5700        1550  -0              4.645671       4.6922949      22.26108     
      5800        1550  -0              4.5325637      4.8296896      20.65521     
      5900        1550  -0              4.5731936      4.7659352      21.121215    
      6000        1550  -0              5.025558       5.6764226      20.612446    
      6100        2000  -0              5.1141082      5.1792324      23.4753      
      6200        2000  -0              4.6074549      4.5071521      22.552763    
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     91800        2000  -0              4.5596676      4.7584971      5.1351586    
     91900        2000  -0              4.5596685      4.7584973      5.135158     
     92000        2000  -0              4.5596693      4.7584975      5.1351575    
     92100        2000  -0              4.5596702      4.7584977      5.135157     
     92200        2000  -0              4.5596711      4.7584979      5.1351565    
     92300        2000  -0              4.5596719      4.7584981      5.1351559    
     92400        2000  -0              4.5596728      4.7584983      5.1351554    
     92500        2000  -0              4.5596736      4.7584985      5.1351549    
     92600        2000  -0              4.5596745      4.7584987      5.1351544    
     92700        2000  -0              4.5596753      4.7584989      5.1351538    
     92800        2000  -0              4.5596762      4.7584991      5.1351533    
     92900        2000  -0              4.5596772      4.7584992      5.1351528    
     93000        2000  -0              4.5596781      4.7584993      5.1351523    
     93100        2000  -0              4.5596791      4.7584995      5.1351517    
     93200        2000  -0              4.55968        4.7584997      5.1351512    
     93300        2000  -0              4.559681       4.7584998      5.1351507    
     93400        2000  -0              4.5596819      4.7584999      5.1351502    
     93500        2000  -0              4.5596829      4.7585         5.1351496    
     93600        2000  -0              4.5596838      4.7585002      5.1351491    
     93700        2000  -0              4.5596848      4.7585003      5.1351486    
     93800        2000  -0              4.5596858      4.7585005      5.1351481    
     93900        2000  -0              4.5596867      4.7585006      5.1351476    
     94000        2000  -0              4.5596877      4.7585007      5.135147     
     94100        2000  -0              4.5596886      4.7585009      5.1351465    
     94200        2000  -0              4.5596896      4.758501       5.135146     
     94300        2000  -0              4.5596907      4.7585015      5.1351456    
     94400        2000  -0              4.5596915      4.7585013      5.1351449    
     94500        2000  -0              4.5596924      4.7585015      5.1351445    
     94600        2000  -0              4.5596934      4.7585016      5.1351439    
     94700        2000  -0              4.5596943      4.7585017      5.1351434    
     94800        2000  -0              4.5596953      4.7585019      5.1351429    
     94900        2000  -0              4.5596962      4.758502       5.1351423    
     95000        2000  -0              4.5596972      4.7585021      5.1351418    
     95100        2000  -0              4.5596981      4.7585023      5.1351413    
     95200        2000  -0              4.5596991      4.7585024      5.1351408    
     95300        2000  -0              4.5597         4.7585026      5.1351402    
     95400        2000  -0              4.559701       4.7585027      5.1351397    
     95500        2000  -0              4.559702       4.7585028      5.1351392    
     95600        2000  -0              4.5597029      4.758503       5.1351387    
     95700        2000  -0              4.5597039      4.7585031      5.1351382    
     95800        2000  -0              4.5597048      4.7585033      5.1351377    
     95900        2000  -0              4.5597058      4.7585034      5.1351371    
     96000        2000  -0              4.5597067      4.7585035      5.1351366    
     96100        2000  -0              4.5597077      4.7585037      5.1351361    
     96200        2000  -0              4.5597086      4.7585038      5.1351356    
     96300        2000  -0              4.5597096      4.758504       5.1351351    
     96400        2000  -0              4.5597105      4.7585041      5.1351345    
     96500        2000  -0              4.5597115      4.7585042      5.135134     
     96600        2000  -0              4.5597124      4.7585044      5.1351335    
     96700        2000  -0              4.5597134      4.7585045      5.135133     
     96800        2000  -0              4.5597143      4.7585047      5.1351325    
     96900        2000  -0              4.5597153      4.7585048      5.1351319    
     97000        2000  -0              4.5597162      4.7585049      5.1351314    
     97100        2000  -0              4.5597172      4.7585051      5.1351309    
     97200        2000  -0              4.5597181      4.7585052      5.1351304    
     97300        2000  -0              4.5597191      4.7585054      5.1351299    
     97400        2000  -0              4.5597201      4.7585055      5.1351293    
     97500        2000  -0              4.559721       4.7585056      5.1351288    
     97600        2000  -0              4.559722       4.7585058      5.1351283    
     97700        2000  -0              4.5597229      4.7585059      5.1351278    
     97800        2000  -0              4.5597239      4.7585061      5.1351273    
     97900        2000  -0              4.5597248      4.7585062      5.1351267    
     98000        2000  -0              4.5597258      4.7585063      5.1351262    
     98100        2000  -0              4.5597267      4.7585065      5.1351257    
     98200        2000  -0              4.5597277      4.7585066      5.1351252    
     98300        2000  -0              4.5597286      4.7585068      5.1351247    
     98400        2000  -0              4.5597296      4.7585069      5.1351241    
     98500        2000  -0              4.5597305      4.758507       5.1351236    
     98600        2000  -0              4.5597315      4.7585072      5.1351231    
     98700        2000  -0              4.5597324      4.7585073      5.1351226    
     98800        2000  -0              4.5597334      4.7585075      5.1351221    
     98900        2000  -0              4.5597343      4.7585076      5.1351215    
     99000        2000  -0              4.5597353      4.7585077      5.135121     
     99100        2000  -0              4.5597362      4.7585079      5.1351205    
     99200        2000  -0              4.5597372      4.758508       5.13512      
     99300        2000  -0              4.5597381      4.7585082      5.1351195    
     99400        2000  -0              4.5597391      4.7585083      5.1351189    
     99500        2000  -0              4.55974        4.7585084      5.1351184    
     99600        2000  -0              4.559741       4.7585086      5.1351179    
     99700        2000  -0              4.5597419      4.7585087      5.1351174    
     99800        2000  -0              4.5597429      4.7585089      5.1351169    
     99900        2000  -0              4.5597438      4.758509       5.1351164    
    100000        2000  -0              4.5597448      4.7585091      5.1351158    
Loop time of 28.5137 on 4 procs for 100000 steps with 2000 atoms

Performance: 303012.391 tau/day, 3507.088 timesteps/s, 7.014 Matom-step/s
98.5% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads

MPI task timing breakdown:
Section |  min time  |  avg time  |  max time  |%varavg| %total
---------------------------------------------------------------
Pair    | 13.673     | 14.898     | 16.176     |  28.4 | 52.25
Neigh   | 0.73867    | 0.77521    | 0.81583    |   4.0 |  2.72
Comm    | 4.3336     | 5.8757     | 7.3155     |  50.3 | 20.61
Output  | 0.020967   | 0.022222   | 0.025301   |   1.2 |  0.08
Modify  | 6.3623     | 6.5284     | 6.7446     |   5.7 | 22.90
Other   |            | 0.4143     |            |       |  1.45

Nlocal:            500 ave         502 max         498 min
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
Nghost:          548.5 ave         556 max         542 min
Histogram: 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1
Neighs:        2427.25 ave        2528 max        2355 min
Histogram: 2 0 0 0 0 1 0 0 0 1

Total # of neighbors = 9709
Ave neighs/atom = 4.8545
Neighbor list builds = 5271
Dangerous builds = 0

Total wall time: 0:00:29
